GPS: 64.628769 , 33.354063
Согласно легенде, Муезерский монастырь был основан монахом Кассианом, выходцем из Соловецкого монастыря. В 1573 году на острове Муезера был воздвигнут каменный крест с надписью: «Поставил сей крест первоначальный старец Геннадий 7081 году, августа 11 дня», что соответствует 1573 году по современному летоисчислению. Тогда же, вероятно, началось строительство деревянного Троицкого храма на средства Соловецкого монастыря и основание Муезерского Троицкого мужского монастыря.
В 1579 году на «острове озера Муя» был построен деревянный острог, занятый стрельцами, пушкарями и местными добровольцами под командованием воеводы Киприяна Оничкова. В декабре 1579 года они выдержали осаду трёхтысячного отряда шведов и нанесли им поражение. Первое упоминание о монастыре встречается в Описной книге Кемской волости 1591 года:
«…на Муезере на острову монастырёк, а в нём храм Троицы Живоначальной, пустынька, а в ней пять братов».
В декабре 1602 года была освящена тёплая церковь Николая Чудотворца, сохранившаяся и по сей день. Это здание прямоугольной формы с двускатной крышей и одной главкой. Над основной частью возвышается восьмигранная башня под шатром. В 1672 году в монастыре была построена часовня Спаса Нерукотворного, которая также сохранилась до наших дней. Рядом с ней стоял деревянный крест, надпись на котором гласила: «Лета 7180 (1672) апреля 9 дня поставил сей крест старец Алексей Муезерской пустыни на поклонение православными крестьянами по своему обещанию». В начале 1960-х годов этот крест был перевезён в Ленинград экспедицией Русского музея.
В 1751 году в деревянной Троицкой церкви Муезерского монастыря был отремонтирован и освящён алтарь. Однако уже в 1764 году монастырь был закрыт, его имущество вывезено, строения постепенно пришли в упадок, а Троицкая церковь сгорела. На какое-то время в этих местах поселились старообрядцы, о чём свидетельствует наличие старообрядческого кладбища. В 1974–1975 годах на Троицком острове проводилась реставрация Никольского храма под руководством архитектора А. В. Ополовникова.