Екатерина Хабибулина родилась в деревне Куркули неподалёку от Мариинска в татарской семье. К тому времени в Сибири почти отгремели бои революции и Гражданской войны, началось строительство новой жизни. В феврале 1929 года в селе Тюменево Мариинского района был образован первый колхоз, получивший название «Красный Октябрь».
В декабре того же года и в Мариинске появился колхоз «Путь новой жизни», с которым много лет была связана трудовая деятельность Е. Г. Хабибулиной.
Детство Екатерины Гарифульевны было сложным — она осиротела в 11 лет и вскоре была вынуждена начать работать в местной артели, чтобы получать хлеб, выдававшийся за трудодни. Так она могла прокормить себя и младших брата с сестрой. В их маленьком хозяйстве был огород и корова, дети часто ходили в тайгу за ягодами и грибами. В начале Великой Отечественной войны 19-летняя Хабибулина перешла на работу в колхоз «Путь новой жизни». Она довольно быстро освоилась на новом месте: первоначально её определили ухаживать за животными, но вскоре она перешла на работу в поле и стала звеньевой.
В годы войны мариинские колхозники основные усилия направили на повышение показателей урожайности. Именно в Мариинске в 1942 году был установлен действующий и поныне рекорд по выращиванию картофеля (1 331 центнеров с гектара). Звено Хабибулиной (12 человек) в 1947 году установило рекорд по сбору ржи, за что колхозница получила орден Трудового Красного Знамени. Спустя ещё год они собрали 1 512 центнеров картофеля с трёх гектаров. За это достижение Е. Г. Хабибулиной, как передовику производства в сфере сельского хозяйства, в 1949 году присвоили звание Героя Социалистического Труда.
Кроме неё ещё двое колхозников «Пути новой жизни» получили звание Героев Соцтруда — Анна Ефимовна Картавая (1900–1956) и Леонид Фролович Петров (1920–1963).
Более 30 лет Екатерина Гарифульевна работала в колхозе, затем перешла на трикотажную фабрику, избиралась депутатом районного совета. В 1981 году ей присвоили звание почётного гражданина Мариинского района.